氨基柱既可以正相使用，也可以反相使用，但是要注意到的是：正相溶劑和反相溶劑往往是不互溶的，正常情況新氨基柱保存在正相環(huán)境中，例如LUNA 氨基柱保存在正己烷-乙腈（99：1）中，但也有例外，像安捷倫的氨基柱保長(cháng)期保存要保存在純乙腈中，具體哪個(gè)廠(chǎng)家的柱子的保存方法要看柱子的說(shuō)明書(shū)，根據要求來(lái)保存。說(shuō)一下氨基柱的使用注意事項。
1. 正相使用
1.1 新柱子可直接用流動(dòng)相。推薦先用正己烷-乙腈（99：1）以0.5ml/min的流速沖10倍柱體積，再根據流動(dòng)相選用極性相近的氯仿或二氯甲烷以相同的流速沖10倍柱體積，最后換成流動(dòng)相。
1.1 正相使用時(shí)，不宜分析含醛基、羰基的化合物，不可用于還原糖的分析；流動(dòng)相要*脫氣，并不得含有羰基化合物和過(guò)氧化物（質(zhì)量不好的乙mi、四氫呋喃含有少量）。
1.3 任何時(shí)候更換流動(dòng)相時(shí)都要確保新流動(dòng)相與柱子原保存液可互溶。
2 反相使用
2.1 先用正己烷-乙腈（99：1）以0.5ml/min的流速沖10倍柱體積，再依次以相同的流速相同的用量用氯仿、異丙醇、甲醇、甲醇-水（50：50）沖柱子。
2.2 以0.5ml/min的流速用30倍柱體積的pH11.0的氫氧化鈉水溶液沖柱子（注意pH值切不可超過(guò)11.0），立即用水（ 0.5ml/min的流速，30倍柱體積）沖洗，再換成流動(dòng)相。
2.3 配制流動(dòng)相時(shí)，應各組分分別量取，比例較小的組分要精密量取，需調pH值時(shí)要精密到0.1。
2.4 反相條件下使用時(shí)，要特別注意控制pH值范圍，pH值越低越有發(fā)生水解的危險，流動(dòng)相中水的比例越高當然也越有發(fā)生水解的危險。理想的pH范圍在pH 3.0-7.0
2.5 如果要使用的流動(dòng)相中還含有緩沖鹽類(lèi)，建議在用分析流動(dòng)相之前，先用不含緩沖鹽的同比例流動(dòng)相過(guò)渡，這樣可避免緩沖鹽在分析柱內的析出。
2.6 有一種情況是，當使用氨基柱進(jìn)行酸性物質(zhì)的分析時(shí)，酸性物質(zhì)的存在意味著(zhù)質(zhì)子的存在，可能會(huì )使略帶負電荷的氨基官能團質(zhì)子化，導致使用一段時(shí)間后對于某些類(lèi)的分析物保留性質(zhì)有所改變或表現在柱效下降。建議：用5-10倍的柱體積的含0.5-1.0％NH3的乙腈-水(50:50)溶液沖洗該柱（沖洗后當然要再用不含堿的流動(dòng)相洗去多余氨），之后再進(jìn)行分析這類(lèi)酸性分析物時(shí)建議在流動(dòng)相中略微添加少許氨如0.1％。
3 色譜柱的沖洗：簡(jiǎn)單說(shuō)起來(lái)，正相條件下使用的氨基柱就參照硅膠柱的清洗方法；反相條件下使用的氨基柱就參照C18的清洗方法。
4 色譜柱的保存
4.1 正相使用時(shí)，將柱子沖洗干凈后，用正己烷-乙腈（99：1）保存。
4.2 反相使用時(shí)，如短期不用，可用甲醇或乙腈保存；長(cháng)期不用時(shí)需將甲醇依次用異丙醇、氯仿置換，最后用正己烷保存。
5 色譜柱的再生
5.1 方案1：依次用甲醇、異丙醇、氯仿、正己烷、氯仿、異丙醇、甲醇沖柱子（各以 0.5ml/min的流速，20倍柱體積），再換流動(dòng)相。這些清洗方法，主要是針對當樣品中有雜質(zhì)逐步吸附累積到填料上時(shí)的處理方法，色譜柱表現行為為諸如柱壓增高柱效降低等。
5.2 方案2：NH2柱用于反相條件時(shí)，NH2鍵會(huì )水解，尤其是在該柱子pH范圍以外，在極酸性和堿性條件下柱壽命會(huì )下降很快，如果在這個(gè)條件下使用需要清洗一下，需要用10倍柱體積溶液沖洗，如下：
95%水/5%乙腈
THF四氫呋喃
95%乙腈/5%水
并保持95%乙腈/5%水繼續沖洗，以低流速0.2-0.5mL/min過(guò)夜沖洗。
5.3 方案3：柱子使用一定時(shí)間后，柱效下降，老化，也可清洗一下柱子恢復柱性能,清洗時(shí)依次用10倍柱體積的下列溶液沖洗：
95%水/5%乙腈
THF四氫呋喃
95%乙腈/5%水
再走流動(dòng)相即可